Sim, faça backup de tudo. Um backup só vale a pena quando você faz backup de tudo que precisa. E como você está perguntando sobre os arquivos ocultos, isso indica que você não tem certeza se precisará de algo dos arquivos ocultos.
Se você tiver espaço e tempo, faça backup de tudo.
A segunda pergunta é sobre a restauração. Uma boa prática nunca é restaurar as coisas apenas "para restaurar". Apenas restaure o que você precisa. Então, depois de ter reinstalado tudo, comece a restaurar as coisas que você sabe que precisa: documentos, músicas, vídeos, etc. E eles apenas restauram os arquivos conf quando você precisar deles.
Você pode fazer uma pequena pesquisa antes de restaurar (ou mesmo usar) seus programas. Por exemplo, o thunderbird criará um perfil quando você instalá-lo pela primeira vez. Pesquise um pouco e você recuperará o perfil antigo sem ter que abrir o thunderbird, criar um novo perfil e eles terão todo o caminho para restaurar o perfil antigo (backup) dentro do novo perfil.