A versão instalada não é a versão do repositório do Ubuntu Universe. Remova sua versão instalada em /usr/local/bin
sudo rm /usr/local/bin/mysql-workbench*
e em /usr/local/lib
sudo rm -r /usr/local/lib/mysql-workbench
e instale
sudo apt-add-repository universe
sudo apt-get update
sudo apt-get install mysql-workbench