Eu acho que você está confuso. Pelo que entendi, o XQuartz é o mesmo servidor X11 de código aberto que a Apple usa (e provavelmente ajuda a desenvolver). Então não é diferente. No entanto, a Apple não atualiza sua própria versão (ou seja, aquela que é distribuída com o SO ou discos de desenvolvedor) com tanta frequência. Se você quer ter a atualização mais recente do XQuartz, você deve baixá-lo da página do projeto XQuartz. Ainda não responde a pergunta em que circunstância alguém gostaria de instalar o XQuartz na página do projeto? Não sei?