Faça algumas exceções sensíveis ao contexto que remapem a (s) sua (s) chave (s) para a configuração padrão desses dois programas.
Clique com o botão direito do mouse no ícone AutoHotkey na barra de tarefas e selecione Window Spy do AutoHotkey para encontrar a ahk_class dos programas que você deseja ignorar. A ahk_class da janela ativa é mostrada no título da janela & Seção de classe no topo do Window Spy.Se você tiver a chave z remapeada no restante do sistema (por exemplo), adicione o seguinte código para mapeá-lo de volta para z em apenas um determinado aplicativo (o Bloco de Notas neste exemplo).
#IfWinActive ahk_class Notepad ; turns on context sensitivity
z::z ; this just maps z to itself
#IfWinActive ; turns back off context sensitivity
Mais informações no site da AutoHotkey sobre as teclas de atalho sensíveis ao contexto: link