Os aplicativos não recebem permissões especiais com base em seu diretório de instalação. Eles herdam suas permissões e podem elevar as suas (algumas vezes permanentemente AFAIK, veja abaixo) com um prompt de senha, mas é isso.
Os aplicativos que vêm com um instalador devem permanecer onde estão, eles podem quebrar de outra forma (por exemplo: quebras de FaceTime se movidas de /Applications ).
A App Store provavelmente é instalada em /Applications porque é o local mais conhecido. Também pode permitir que outros usuários em sua máquina usem esses aplicativos. Os aplicativos da App Store não têm permissão para exigir permissões elevadas, portanto, isso não é o motivo pelo qual eles estão instalados nesse diretório.
As aplicações sem o instalador, que são instaladas usando arrastar e soltar, ainda podem ser colocadas praticamente onde você quiser. Alguns destes aplicativos falham se você usar o FileVault, já que eles devem residir no volume de inicialização e requerer permissões elevadas, mas ele tem sido assim há muito tempo e especialmente não relacionado à App Store ( SuperDuper vem à mente, IIRC).
~/Applications/ foi desenvolvido para manter seus aplicativos pessoais de acordo com Apple (também aqui ).
Eu instalo todos os aplicativos que não vêm com um instalador em ~/Applications e não tive nenhum problema (exceto os aplicativos mencionados acima, como SuperDuper ). Eu acho que você pode continuar fazendo isso sozinho, mas além da organização de arquivos e não compartilhar esses aplicativos com outras contas de usuário em sua máquina, não há uma razão strong para nenhuma dessas opções.