No Windows 7, %USERPROFILE%\Application Data é apenas um link simbólico para %USERPROFILE%\AppData\Roaming . Está lá para manter a compatibilidade com softwares mal-escritos, então, por padrão, o symlink tem uma ACL que você não pode abrir no Explorer, enquanto os programas ainda podem acessar os arquivos dentro dele.
Da mesma forma, Local Settings agora é um link simbólico para %USERPROFILE%\AppData\Local .