Você pode corrigir isso desabilitando a rolagem do TrackPoint nos painéis de controle do Windows.
Eu tive o mesmo problema em um guest do VMware Ubuntu em um ThinkPad X220 executando o Windows 7. Com as configurações padrão de mouse / trackpoint, o botão do meio não se registraria quando o xev era executado no Ubuntu. Presumivelmente, alguma camada de software Windows / Lenovo de baixo nível estava capturando eventos do botão do meio e interpretando-os como comandos de rolagem.
Você pode resolver isso desativando totalmente a rolagem. No painel de controle do mouse, você pode definir a rolagem do TrackPoint para "Rolagem", "Lente de aumento" ou "Nenhum". Eu era capaz de colar no Ubuntu usando o botão do meio logo depois de definir o controle para "Nenhum".