Quando você emparelha um controle remoto com uma máquina, nada muda no controle remoto - você está apenas ensinando a máquina que ele deve responder apenas a um controle remoto específico.
Para evitar que o sinal desse controle remoto afete o MacBook, pareie um controle remoto diferente com o MacBook ou desligue o receptor de infravermelho completamente nessa máquina.