Se você quiser deixá-lo local, apenas coloque-o em seu diretório pessoal (ou se preferir colocá-lo em algum lugar mais "central", sugiro /opt/aptana/
).
Você pode adicionar itens à lista suspensa de aplicativos clicando com o botão direito do mouse nos "aplicativos" (antes de abri-lo) e selecionando "Editar Menus". Vá até o menu desejado e clique em "Novo item".