Infelizmente, você ainda sentirá falta de algumas das melhores partes dos pacotes. Primeiro, você obviamente não receberá atualizações automáticas para ele. Segundo, se você está pensando que ao fazer uma instalação limpa você pode simplesmente imprimir a lista de seus pacotes baseados em apt e obter os mesmos ao instalar o novo sistema, esqueça. A lista conterá não apenas os pacotes instalados manualmente, mas também todas as dependências configuradas como manuais, assim você não pode simplesmente dar uma olhada em todos os softwares instalados. Achei melhor fazer essa lista manualmente no gedit. Em terceiro lugar, você ainda terá que cuidar das dependências, exatamente o que acontecerá no momento de fazer o pacote, em vez do tempo de compilação manual. O mesmo vale para coisas como um item do menu principal. Então, em alguns casos, a complexidade adicional de criar um pacote simplesmente não vale a pena.
Por outro lado, se os autores do eclipse não tiverem fornecido uma maneira de desinstalar seu eclipse construído de origem, é uma boa ideia fazer um pacote primeiro para que o apt possa removê-lo posteriormente. Além disso, se você for instalá-lo em mais de um PC, um pacote será muito útil.
Existe uma ferramenta que irá criar um pacote para você, mas eu li que não é muito bom resolver as dependências. Nunca tentei eu mesmo, mas se você quiser experimentá-lo, aqui está o link: CheckInstall