Você pode tentar um script usando o RandR, descrito aqui e aqui .
Exemplo:
xrandr -q # identify the screen names: LVDS for laptop screen, VGA-0 for external monitor
xrandr --output VGA-0 --pos 1024x0 # to move the VGA screen 1024 pixels to the right.
Você também precisará ajustar o arquivo xorg.conf, adicionando à seção Screen uma definição Virtual
, onde a largura é a largura máxima dos displays adicionados juntos, pela altura da maior altura.
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Veja thinkwiki.org para mais informações sobre o xrandr.
A seção "Agora, automatize-a no login" é provavelmente a que mais lhe interessa.
A seção "GUIs" lista front ends da GUI para xrandr.