Talvez não seja exatamente o que você quer, mas eu recomendaria usar o HandBrake para fazer isso, que é um codificador de vídeo gratuito, multiplataforma e fácil, com perfil especial para iPhone / iPod.
Existem várias listas de parâmetros sugeridas para o ffmpeg codificar o vídeo do iPod Touch, mas eu pensei em submeter a pergunta ao SuperUser.com para obter algumas boas respostas.
Como você codifica vídeos do iPod com o ffmpeg?
As melhores respostas devem explicar por que eles estão usando parâmetros específicos.
Talvez não seja exatamente o que você quer, mas eu recomendaria usar o HandBrake para fazer isso, que é um codificador de vídeo gratuito, multiplataforma e fácil, com perfil especial para iPhone / iPod.