Sim, você pode executar um sistema operacional de 64 bits como convidado com o VirtualBox em um host de 64 bits.
O VirtualBox definitivamente permitirá o uso de múltiplos núcleos em máquinas convidadas, mas isso depende do seu hardware - essencialmente sua CPU.
Por exemplo, em certos processadores Intel - especialmente na série Duo Core (Celeron), ele não suporta a tecnologia VT-x, e também não suporta a tecnologia EMT64, portanto você está limitado a rodar apenas em um único núcleo, e SOs convidados de 32 bits.
Verifique seu processador, os fatores de definição estão lá.