Não tenho certeza se isso funcionará, mas você tentou o UltraMon?
Temos máquinas com o Windows 7 instalado e monitores duplos. Quando executamos um aplicativo virtual usando o XP Mode, qualquer janela de diálogo no aplicativo aparece centralizada entre os dois monitores. Se nós os fecharmos para um lado, o local não é "lembrado" como acontece com outros aplicativos.
Alguma idéia de como corrigir isso?
Não tenho certeza se isso funcionará, mas você tentou o UltraMon?
Gerenciador real de janelas é o melhor gerenciador de janelas com suporte a vários monitores (por um país milha) eu já vi, e eu tentei muito.
O Gerenciador de Janelas Reais é um shareware, experimente antes de comprar (período de avaliação de 60 dias).