Sem saber exatamente o que você está fazendo, não consigo escrever nenhum tipo de script, mas supondo que seja uma janela do explorador, você pode usar um loop:
Loop %RepeatCount% {
...
}
e use um pouco de matemática para calcular quando descer uma linha, e assim por diante.
Melhor que isso, veja a seção "Loop (arquivos e pastas)" do readme. Parece que você faria o .ahk dentro do diretório, então faça algo como
Loop *.fileWhatIsBoringToManipulate
{
Run p:\ath\to\executable [command line option to load file]
WinWaitActive, Manipulator
//mouseclicks and stuff
}
O último seria muito superior, mas se o seu aplicativo não suporta entrada de linha de comando, então seria melhor colocar os arquivos na exibição de lista e usar um comando {down} {return} em vez de um mouse posicional de fantasia .