Uma opção é instalar o Windows na unidade IDE, criar uma imagem (em uma partição ou unidade separada) com a função de criação de imagens do Windows ou com uma ferramenta de terceiros, como Marcium Reflect (edição gratuita) e restaure a imagem para a nova unidade quando ela chegar. Não deve haver problemas com isso, além de ter que instalar drivers SATA para a sua placa-mãe.