A resposta precisa dependerá do que o arquivo startenb.bash faz - em particular, se ele precisa ser executado em um diretório específico relativo à sua árvore de projeto / construção eclipse (quando executado no terminal, onde é ./ exatamente?), mas basicamente deve ser apenas uma questão de usar as caixas Location , Working Directory e Arguments na janela 'Configurações externas de ferramentas'.
Por exemplo, se eu tiver um script no meu diretório ~/Documents que apenas imprime seu diretório de trabalho e (primeiro) argumento:
#!/bin/bash
echo "current directory: $PWD"
echo "running with argument ${1:-[none]}"
em seguida, definindo
permite que eu corra