Seguindo os conselhos da comunidade de falhas do servidor, verifiquei o tamanho do meu bloco:
stat --printf='%s' -f .
que era "normal" em 4096
Em seguida, verifiquei quantos arquivos excluídos ainda eram mantidos abertos pelos processos:
lsof | grep -c DEL
que relatou 143 arquivos que podem ser responsáveis por todo o espaço perdido, mas acho improvável
Então eu reiniciei minha caixa e pronto! Todo meu espaço em disco estava de volta:
df -h
Filesystem Size Used Avail Use% Mounted on
udev 487M 4.0K 487M 1% /dev
tmpfs 100M 388K 100M 1% /run
/dev/vda1 30G 17G 12G 61% /
Reflexão
O fato de ter recuperado muito do meu espaço em disco após a reinicialização significa que o tamanho do bloco do volume não foi o principal culpado. Então, ainda não tenho 100% de certeza do que causou a discrepância, mas feliz por ter meu espaço de volta!