Você pode configurar o Apache ou NGINX para o WebDAV, que também permite o upload de arquivos. Eu recomendo que você use o TLS com autenticação (digest ou simples) para fazer o upload.
Você também pode configurar o servidor da Web para download de arquivos e fazer o upload usando SFTP. Você pode restringir um usuário / grupo específico para o sftp (sem shell) e chroot (árvore limitada do sistema de arquivos), customizando seu sshd_config. O Wikilivros tem algumas configurações de exemplo .