ssh-copy-id acrescenta chaves ao arquivo authorized_keys remoto. Para adicionar várias chaves específicas, execute-as uma vez por chave com -i <key-file-name> .
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Após seu comentário, acho que entendi sua pergunta errada.
Você deseja usar uma chave para autenticar enquanto instala outra em seu servidor.
ssh-copy-id não oferece uma opção de linha de comando para escolher uma chave para autenticação durante a execução de ssh-copy-id .
Mas passa -o para ssh . Então:
ssh-copy-id -i ~/.ssh/<your-already-existing-id> -o 'IdentityFile ~/.ssh/<your-new-id-to-install>' <servername>
Você também pode usar ssh-agent e, nesse caso, não precisará inserir sua frase secreta ao usar ssh , scp , ssh-copy-id , a.s.o. desde que ssh-agent esteja em execução.