Ok, parece uma resposta antiga e as coisas não são tão ruins em 14.04 como eram antes. Sim, o monitor à esquerda é geralmente o monitor principal e é configurado dessa forma por padrão.
O desktop unit é na verdade chamado ubuntu-desktop e a razão para isso é porque unity é na verdade um plugin compiz, então você está realmente usando um desktop compiz. Com isso dito, você pode instalar o compizconfig-settings-manager para obter as configurações desejadas.
Procure no centro de software do Ubuntu ou abra um terminal e execute os seguintes comandos para instalá-lo, o que você preferir:
sudo apt-get update
sudo apt-get install compizconfig-settings-manager
Após a instalação, procure por ccsm em seus aplicativos ou digite o comando:
ccsm
para iniciá-lo.
Agora, clique em "opções gerais" e navegue até a guia "Configurações de exibição".
Para a configuração "Sobreposição de manuseio de saída", você pode definir qual dispositivo de saída (monitor) é preferido como o monitor principal. Você pode definir isso para "modo inteligente" para escolher automaticamente o monitor principal, para preferir a "saída maior" (tela maior) ou "saída menor" (tela menor).
Além disso, você pode ir até onde ele diz "outputs" se eles são do mesmo tamanho e você pode clicar em qualquer uma das saídas que abrirão a opção para mover o dispositivo para cima ou para baixo . Você também pode escolher editar e você deve poder editar manualmente as dimensões para alterar uma menor ou maior.
As configurações do ccsm e as configurações padrão da área de trabalho são uma espécie de lei estadual e federal nos Estados Unidos: a lei federal (configurações do ccsm) sempre supera a lei estadual (configurações padrão da área de trabalho).