Você pode tornar o Vim padrão para os finais de linha do Unix enquanto ainda suporta os finais de linha do DOS definindo a opção 'fileformats':
:set fileformats=unix,dos
:set fileformat=unix
A segunda linha pode não ser necessária, mas eu a incluo no meu _vimrc só para estar no lado seguro. (Edit: É necessário no Windows.)
Quanto à sua pergunta sobre o "aviso", não acho que você possa alterar esse comportamento. " :help file-formats
" contém este parágrafo:
If the 'fileformat' option is set to "dos" on non-MS-DOS systems the message
"[dos format]" is shown to remind you that something unusual is happening. On
MS-DOS systems you get the message "[unix format]" if 'fileformat' is set to
"unix". On all systems but the Macintosh you get the message "[mac format]"
if 'fileformat' is set to "mac".