Procure pelo mysql-workbench nos processos.
$ps -ef |grep mysql-workbench
XX 8327 1159 0 12:04 ? 00:00:00 /bin/bash /usr/bin/mysql-workbench
XX 8330 8327 0 12:04 ? 00:00:00 /bin/sh /usr/bin/catchsegv /usr/lib/mysql-workbench/mysql-workbench-bin
A segunda coluna terá o ID do processo para ser eliminado. Neste caso, 8327. Ele também irá parar a segunda linha.
Em relação às opções: -ef opções nos ajudam a listar todos os processos (-e) usando a sintaxe de formato completo (-f)
E existe algum outro navegador de consulta Mysql mais rápido e mais leve para o Ubuntu?
Veja mas duvido que eles sejam tão bons.