Eu tive o mesmo problema hoje, ao atualizar do Fedora 26 para o 27.
Resolvido desinstalando o primeiro phpMyAdmin:
rpm -e phpMyAdmin
Nota: Neste ponto, o RPM cria backup de 2 arquivos de configuração. Talvez você deva fazer sua própria cópia por segurança:
- /etc/phpMyAdmin/config.inc.php.rpmsave
- /etc/httpd/conf.d/phpMyAdmin.conf.rpmsave
Agora, você pode refazer o comando dnf para atualização do sistema que falhou anteriormente, depois continue com o processo de atualização e reinicialização.
Quando seu sistema estiver de volta, simplesmente reinstale o phpMyAdmin:
dnf -y install phpmyadmin
Depois, coloque seus próprios arquivos de configuração. Nota: eu mantive o recém-instalado phpMyAdmin.conf, que parece melhor que o backup.
Por fim, reinicie o serviço httpd.