Veja esta pergunta na Mozillazine . Você pode fazer isso alterando seu arquivo userContent.css
.
O código que você precisa adicionar é
span[_moz_quote=true] {
color: pink ! important;
}
mudando 'pink' para qualquer cor que você preferir.
No Windows XP, você encontrará o arquivo em C:\Documents and Settings\user\Application Data\Thunderbird\Profiles\xxxxxxxx.default\chrome
(a subpasta chrome
não existe por padrão); veja developer.m.o para localização em outros sistemas operacionais.