Se esta é a única janela do terminal, você pode tentar eliminar o processo do script, que terminará o processo Terminal e o script bash sendo executado nele. A parte mais difícil aqui é determinar a maneira correta de matá-lo que funcionará para você. A maneira mais fácil é fazer:
killall Terminal
Acho que várias janelas do Terminal são executadas em um único processo, o que significa que você terá todas as janelas fechadas após esse comando.
Se você estiver usando outro emulador de terminal como sua ferramenta principal (como o iTerm), então não será um problema.