Posso apenas desinstalar os programas e reinstalá-los neste local?
Sim.
Se, ao instalar seus programas, você for solicitado a fornecer um diretório de instalação, poderá instalá-los onde quiser. Eu tenho o meu instalado, sempre que possível, em c:\apps
Will that create some data mess/residues (registry etc.)?
Somente se as rotinas de desinstalação do programa estiverem mal escritas.
Existem programas de desinstalação especializados, por exemplo Revo Uninstaller , que limparão as sobras de uma instalação padrão se houver qualquer um.
Existe alguma necessidade de separar programas de 32 bits de 64 bits?
Não.
Não é necessário ter diretórios de instalação raiz separados para programas de 32 bits e 64 bits.