Depende da distribuição do Linux que você está usando.
Normalmente, você pode forçar a reinstalação de um pacote e, portanto, recuperar todos os arquivos.
Por exemplo, em um sistema Debian, como o Ubuntu, você verá:
dpkg -S /bin/ls
"ls" pertence a "coreutils".
Portanto, force a reinstalação do pacote:
sudo apt-get --reinstall install coreutils
E o seu acidente será corrigido!