Eu tive um problema semelhante ... Eu queria lançar o Mongo-Connector assim que o MongoDB estivesse pronto para aceitar a conexão.
Encontrei a correção depois de pesquisar um pouco. A correção foi adicionar a seguinte linha ExecStartPost após a linha ExecStart no arquivo de unidade mongodb.
ExecStart=/usr/bin/mongod --quiet --config /etc/mongod.conf
ExecStartPost=/bin/sh -c 'while ! /usr/bin/mongo --eval "db.version()" > /dev/null 2>&1; do sleep 0.1; done'
Isso é testado no meu servidor Ubuntu 16.04 com sucesso.