Suspeito que não mostre pastas ocultas. Adicione -Force -Recurse
e acho que você obterá o resultado adequado.
Quando cliquei com o botão direito em uma pasta específica para suas propriedades, ele listou 3181 pastas na guia Geral.
Eu estava usando o comando powershell get-childitem -recurse para obter uma lista de todos os diretórios dentro da mesma pasta. Eu imaginei que uma contagem resultaria na mesma quantidade, mas isso não aconteceu. Devolveu 3175 itens.
Os comandos reais do powershell que usei foram:
$list = gci c:\somefolder -recurse | where {$_.psiscontainer -eq $true}
$list.count
Alguém sabe por que a diferença nos números?