Tente o seguinte comando:
pandoc -f gfm --toc -s README.md -o r.md
pois funcionou bem para mim com a versão mais recente de pandoc
.
Com o README.md
do pandoc, recebi este ToC:
- [Pandoc](#pandoc)
- [The universal markup
converter](#the-universal-markup-converter)
- [Installing](#installing)
- [Documentation](#documentation)
- [Contributing](#contributing)
- [License](#license)