Eu fiz o plugin para monitorar a temperatura da sala em casa. Eu tive o mesmo problema que você e notei que os gráficos estão mostrando apenas as linhas de aviso.
Tendo apenas valores críticos, meio que "resolveu" o problema. Eu simplesmente comentei os campos de aviso no meu código de plugins:
echo "budapest.label Budapest\n";
echo "budapest.info Budapest\n";
echo "budapest.colour COLOUR7\n";
//echo "budapest.warning -15:38\n";
echo "budapest.critical -18:40\n";
Linhas de aviso no gráfico
Gráfico com apenas valores críticos
Se um dos valores estiver fora dos intervalos críticos, o gráfico aparecerá com a borda vermelha como de costume.
Não sei se é bug ou recurso.
Atualização: Falei com o pessoal munin no canal oficial do IRC e eles sugeriram relatar isso como bug e tentar consertar o próprio Munin.