Para executar um backup a partir da linha de comando, você precisa executar o WBadmin
O artigo da Technet para isso é aqui
Para configurar um backup agendado regularmente, você deve ser membro do grupo Administradores. Para executar todas as outras tarefas com este comando, você deve ser um membro do grupo Operadores de Backup ou Administradores, ou deve ter recebido as permissões apropriadas.
Exemplo: Faz o backup de sua unidade C: para o E: Drive, com a finalidade de uma recuperação bare-metal, incluindo o estado do sistema sem prompts para o usuário.
wbadmin start backup -backupTarget: E: -include: C: -allcritical -systemstate -quiet