O Linux equilibra a carga de trabalho em todas as CPUs. No entanto, para fazer isso, a carga de trabalho deve ser multithreaded. Não é possível distribuir uma carga de trabalho de encadeamento único em várias CPUs e, na verdade, é mais eficiente manter uma tarefa de encadeamento único em uma única CPU.
O problema aqui é que o script R em questão não foi escrito para ser multi-threaded.