Especificamente, para alterações de permissão de arquivo no Windows a partir do prompt do DOS, é possível usar o CACLS (que parece não ser mais usado) e, mais recentemente, o ICACLS
Exemplos:
Para conceder ao grupo de usuários controle total para uma pasta:
icacls "C:\MyFolder" /grant Users:F
Para conceder a um usuário específico controle total sobre a pasta D: \ test e todas as suas subpastas:
C:>icacls "D:\test" /grant John:(OI)(CI)F
Por favor, verifique este link para mais informações:
e este da Microsoft:
Espero que isso ajude.