Supondo que você deseja desativar o vídeo e silenciar o áudio quando necessário, seu modelo de comando básico seria
ffmpeg -i video.mp4 -f lavfi -i "color=black:s=1280x720:r=25" -filter_complex \
"[0:v][1]overlay=enable='between(t,25,35)'[a]; \
[a][1]overlay=enable='between(t,80,90)'[b]; \
[b][1]overlay=enable='between(t,94,115)'[c]; \
...
[n][1]overlay=enable='between(t,4805,4821)'[video]; \
[0:a]volume=0:enable='between(t,25,35)', \
volume=0:enable='between(t,80,90)', \
volume=0:enable='between(t,94,115)', \
...
volume=0:enable='between(t,4805,4821)'[audio]" \
-map "[video]" -map "[audio]" output.mp4
O tamanho e a taxa da cor devem ser os mesmos do seu vídeo.
Se você quiser substituir a tela preta por uma imagem, remova a expressão -f lavfi
e a cor e adicione -loop 1
antes de -i image.jpg
.