Desde que este problema ocorreu, parece que encontrei a resposta. Em um determinado momento, quando a caixa de correio atinge ~ 25.000 mensagens, o filtro (conforme descrito acima) pára de funcionar. Depois que eu deletei algumas das mensagens, ele começou a funcionar novamente e, assim que recebi novas mensagens com a contagem da mensagem da caixa de entrada "acima do limite", ela parou de funcionar.
Eu tentei compactar as pastas conforme descrito por David T, mas isso não ajudou muito.
Neste momento, a única manipulação parece ser não acumular muitas mensagens.