Você tem o "Editor externo abre cada arquivo em uma janela separada (processo)" opção de preferência do editor ativado. Isso é o que causa o problema.
Por padrão, a opção é desmarcada e deve ser verificada apenas quando você usa um editor que abre cada arquivo em um processo separado . Esse não é o caso do Notepad ++: Quando você abre o arquivo para edição no WinSCP e o Notepad ++ já está em execução, a nova instância do Notepad ++ apenas delega a abertura para a instância existente e sai. Como você tem a opção acima, o WinSCP detecta a saída e considera o arquivo a ser fechado (excluí-lo).
Para mais detalhes, consulte a documentação do WinSCP para Abertura de mais arquivos em uma única instância do editor .