Finalmente, encontrei uma maneira de alcançar o que eu queria, usando o utilitário PulseAudio "pacmd" .
$ pacmd list-sources|awk '/index:/ {print $0}; /name:/ {print $0}; /device\.description/ {print $0}'
Execute o comando acima para obter os nomes de todas as interfaces de gravação do sistema. Exemplo de saída abaixo.
index: 0
name: <alsa_output.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo.monitor>
device.description = "Monitor of Built-in Audio Analog Stereo"
* index: 1
name: <alsa_input.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo>
device.description = "Built-in Audio Analog Stereo"
Agora, execute o seguinte comando para gravar áudio de microfone e alto-falantes simultaneamente.
$ ffmpeg -f pulse -i alsa_output.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo.monitor -f pulse -i alsa_input.pci-0000_00_1b.0.analog-stereo -acodec libmp3lame -map 0:0 -map 1:0 outfile.mkv