Vá para Settings | Version Control | Confirmation
e aqui na área When files are created
set option% código%. É isso aí !
A primeira vez que criei um arquivo no PHPStorm, acidentalmente cliquei em "Não adiciono este arquivo automaticamente ao meu VCS" (isso é uma paráfrase, é claro) e está me deixando louca por eu ter que continuar fazendo isso manualmente. Posso encontrar instruções sobre como fazer isso manualmente, mas não sei como isso acontece automaticamente.
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Tags phpstorm