Isso é descrito na seção de exemplos da página man:
Join in1.pdf and in2.pdf into a new PDF, out1.pdf:
pdftk in1.pdf in2.pdf cat output out1.pdf
or (using handles):
pdftk A=in1.pdf B=in2.pdf cat A B output out1.pdf
or (using wildcards):
pdftk *.pdf cat output combined.pdf
Claro que você pode usar shell ou xargs para expandir uma lista para os argumentos de entrada do pdf ...
Exemplo de concatenação em todos os arquivos especificados em files.txt (assumindo que não há problemas com espaços em nomes de arquivos, etc.)
pdftk $(cat files.txt) cat output out.pdf