Por que não olhar para switches? ConEmu.exe -?
Pelo menos você pode usar -noquake -nosingle switches. Ou outra configuração nomeada com -config <name> . Ou carregue a configuração de outro xml -loadcfgfile <ConEmuXml> .
Já tenho uma instância em execução no estilo de um quake do ConEmu. O problema é que eu gostaria de lançar outra instância sem terremoto (em execução na janela normal). É possível?