Eu finalmente encontrei a opção no Mac OS X Mail para excluir uma mensagem sem movê-la para a pasta da lixeira:
Tem de desmarcar a opção "Mover mensagens eliminadas para a caixa de correio Lixeira" em Preferências > Contas > Comportamentos da caixa de correio, os e-mails são excluídos diretamente.