O Nautilus "apaga" arquivos, movendo-os para a lixeira, e mover um arquivo no mesmo sistema de arquivos é uma operação muito rápida. Você esqueceu de adicionar o tempo gasto esvaziando o lixo em sua observação.
Eu tive esta situação muito surpreendente recentemente, ao tentar excluir pastas contendo muitos arquivos (acho que o código repo checkout com alguns arquivos de 10 mil):
Quando tentei fazer isso via linha de comando, como normalmente faria com rm -rf , esperei por um bom tempo (digamos um minuto?) sem terminar ...
Por outro lado, ao excluir pastas do mesmo tamanho no navegador de arquivos nautilus , a exclusão era instantânea - e não apenas na GUI, mas a pasta também desaparecia o FS, como um ls no terminal me mostrou.
Então, como isso pode ser? Não nautilus apenas executar 'normal' rm ? Ou está equipado com alguma maneira de lidar com grandes tarefas em segundo plano?
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