AFAIK, o GParted não suporta o ISO-9660. Certamente não está listado na caixa de diálogo View- > File System Support. Isso não é surpreendente, na verdade, já que o ISO-9660 é destinado para uso em discos ópticos, não em partições de disco rígido. Eu não considero isso um bug no GParted.
Quanto à incapacidade do Windows de acessar a partição, é provável que os programadores da Microsoft decidissem que era algo muito estranho de se fazer. É concebível que haja um driver de terceiros que permitirá ao Windows montar essa partição, mas eu não procurei por isso. Mesmo se você encontrá-lo, no entanto, o Windows ainda está limitado a usar uma partição por unidade flash USB, então no seu cenário você poderá acessar apenas uma partição do Windows.
A verdadeira questão é: o que você está tentando realizar? Ou seja, qual é o seu objetivo final ao configurar uma unidade flash USB dessa maneira? Pode haver outra maneira de fazer isso.