Use isto:
ffmpeg -i input1.wav -i input2.mp3 -i input3.aac -filter_complex 'concat=n=3:v=0:a=1[a]' -map '[a]' <encoding options> output.mp3
Aqui estamos enviando para mp3 a partir de 3 entradas de codec de áudio diferentes. Você terá que inserir os parâmetros de codificação mp3. Estou assumindo que seus arquivos de entrada são apenas de áudio.
Bons parâmetros para mp3 podem 256 kbps. Então use isto:
-codec:a libmp3lame -b:a 256k
Mas isso é considerado um desperdício para mp3 e você pode querer usar: -q:a 3