Você pode copiar o conteúdo de uma pasta /source para outra pasta existente /dest com o comando
cp -a /source/. /dest/
A opção -a é uma opção recursiva aprimorada, que preserva todos os atributos de arquivo e também preserva links simbólicos.
O . no final do caminho de origem é uma sintaxe cp específica que permite copiar todos os arquivos e pastas, incluindo os ocultos.