É perfeitamente possível (mas geralmente você obtém o mesmo resultado com o virtualenv e o empacotamento de todo o seu root virtualenv). Você terá problemas se alguns dos pacotes python precisarem de bibliotecas externas e se outro usuário não os tiver instalado (é por isso que você geralmente faz isso com virtualenv e pip / freeze).
O gerenciador de pacotes executa os chamados scripts de instalação. Eles podem conter qualquer código, mas geralmente eles adicionam usuários / grupos requeridos, editam algumas outras configurações (porque você não pode "instalar" uma linha na configuração; o movimento para dividir todos os * .conf para * .conf.d ajuda um pouco, mas nós não estamos nem perto de terminar ainda) mas com a maioria dos pacotes python, você estará bem.