Minha solução alternativa era um script em lote:
set num=1,2,3
for %%i in (%num%) do ( WinSCp.com /command ^
"open <user>:<password>@<hostname>:<port>" ^
"get test%%i/* <destination>" ^
"exit")
Isso criará uma nova conexão por diretório, mas foi o melhor que eu pude fazer.