Bem, na verdade, eu perguntei isso no site beta da Sound Design e recebi uma boa resposta autônoma:
para especificar o arquivo inteiro de 16 ou 24 bits do little-endian (intel):
afconvert -d LEI16 -c 1 --mix input_file.wav output_file.wav
ou
afconvert -d LEI24 -c 1 --mix input_file.wav output_file.wav